烟草在线据云南烟叶信息网网站报道 8月28日刊出的2015第4期《中国烟草科学》刊载的“普通烟草SBP转录因子家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析”一文称,普通烟草基因组编码32个SBP转录因子家族成员可分为8个亚家族,这些成员的氨基酸序列长度差异较大,但在花器官中均有较高的表达量。该家族主要在植物生长发育、逆境响应等过程中发挥作用。
SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP)是一类植物特有的转录因子,在植物体的发育、激素信号转导和抗逆等方面具有重要的生物学功能,广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。该研究利用普通烟草TN90基因组数据,通过隐马尔科夫模型检索,SMART和Pfam分析,鉴定了普通烟草SBP转录因子家族成员;通过多序列比对鉴定并分析了普通烟草SBP结构域的结构特征;通过邻接法、极大似然法进行了系统发育分析;分别利用GSDS和MEME对SBP转录因子家族成员的基因结构和蛋白保守结构域进行了分析;利用普通烟草TN90转录组数据分析了SBP转录因子家族成员在不同组织和时期的表达情况,并对鉴定出的SBP转录因子家族成员进行了GO注释分析。
该研究发现,普通烟草基因组编码32个SBP转录因子家族成员,氨基酸序列长度差异较大;通过系统发育分析,将所有SBP转录因子家族成员分为8个亚家族;转录组数据显示,SBP基因家族成员在不同组织和时期中表达迥异,但在花器官中均有较高的表达量。GO注释结果表明,该家族成员作为转录因子,在植物的生长发育、逆境响应等过程中发挥作用。
该研究为烟草及其他植物中SBP转录因子家族基因的鉴定和功能研究提供了基础。
该研究为农业部948项目“高通量植物衰老基因克隆技术(TASSEL-tagging系统)的引进、创新及利用”课题(2013-Z4)研究内容。